في 2000/9/28، اقتحم أريئيل شارون، رئيس حزب "الليكود" وزعيم المعارضة الإسرائيلية آنذاك، المسجد الأقصى يرافقه حوالي 2000 جندي لحمايته، بموافقة من إيهود باراك (حزب العمل)، رئيس حكومة الاحتلال آنذاك. في أثناء الاقتحام، صرّح شارون أنّ الأقصى سيبقى منطقة إسرائيليّة، فيما اعتدت عناصر الأمن المرافقة له على المصلّين الموجودين في المسجد الذين استفزّهم اقتحام شارون وتصريحاته.

أدّت الاعتداءات الإسرائيليّة في الأقصى إلى استشهاد 7 فلسطينيين وإصابة 250 آخرين بجروح، فيما جرح 13 جنديًا إسرائيليًا. ولم تلبث المواجهات أن توسّعت وامتدّت إلى أحياء القدس ومناطق الضّفة الغربية المحتلّة. ولم يلبث أن انتشر مقطع فيديو يصوّر قتل الاحتلال الطفل محمد الدرّة في 2000/9/30، في أثناء احتمائه بوالده قرب مكعّب من الأسمنت في غزّة، ما أعطى زخمًا للانتفاضة بعدما نقلت المشهد محطّات التلفزة في أنحاء العالم.

استشهد في انتفاضة الأقصى، أو الانتفاضة الثانية، 4412 فلسطينيًا، وأصيب 49 ألفًا، فيما بلغ عدد القتلى في صفوف الاحتلال 1100 إسرائيلي، بينهم 300 جندي، وجرح نحو 4500 آخرين. استمرّت الانتفاضة نحو خمس سنوات، وتوقفت في 8/2/2005 مع توقيع اتفاق للتهدئة بين الفلسطينيين والإسرائيليين في شرم الشيخ جمع كلاً من محمود عباس، المنتخب حديثًا خلفًا للرئيس الفلسطيني ياسر عرفات، ورئيس حكومة الاحتلال أريئيل شارون. وعلى أثر الاتفاق، أعلن وزير الخارجية المصري أحمد أبو الغيط أنّ مصر والأردن قررتا إعادة سفيريهما إلى "تل أبيب".