فيما يتعلق بواقع المسجد الأقصى المبارك خلال عام 2020، وثق الفصل الأول من التقرير عدم وجود تغير مركزي فيما يتعلق في مسار محاولات تهويد المسجد الأقصى، وتغيير الوضع القائم فيه، إلّا أنّ، الإجراءات الوقائية من فايروس (كورونا) قد شكلت بوابة الاستهداف الرئيسة للمسجد، خلال عام 2020، وبحسب التقرير فقد حاول الاحتلال تحقيق "سيادته" على المسجد الأقصى من بوابة الوباء العالمي، عبر فرضه إغلاقات متكررة، ومساواته بين المصلين أصحاب الحق وبين المقتحمين من المستوطنين، وشهد الأقصى زيادةً في مدد الإغلاق، والمزيد من محاولات التدخل في إدارة المسجد، واستهداف مكوناته البشرية، بل وصل الأمر إلى حدّ تركيب أجهزة صوتية في سياق التحضير لمنظومة إسرائيلية للتحكم بإدارة المسجد الأقصى المبارك.

وكشف التقرير أن 18526 مستوطناً قد  اقتحموا المسجد الأقصى في عام 2020 بحمايةٍ من قوات الاحتلال ، في مقابل 29610 مستوطنين اقتحموا الأقصى في عام 2019، وهو أقل عددٍ للمقتحمين في السنوات الأربع الأخيرة، كما رصد التقرير.

وفي سياق الحديث عن أبرز المحطات التي مرت بالمسجد الأقصى المبارك خلال وباء (كورونا)، تحدث التقرير عن سعي الاحتلال استغلال الجائحة لفرض وقائع جديدة على المسجد الأقصى، وتكريس نفسه جهة مرجعية لإدارته، وتكثيف تدخلاته في شؤونه. 

ورصد التقرير315 قرار إبعاد عن المسجد الأقصى أصدرتها سلطات الاحتلال خلال عام 2020، وتراجعت نسبة قرارات الإبعاد بنحو 10% فقط عن تلك القرارات الصادرة في عام 2019، الذي سجل 355 قرار إبعاد. وشملت قرارات الإبعاد عدداً من رموز القدس، من بينهم رئيس الهيئة الإسلامية العليا الشيخ عكرمة صبري، ونائب رئيس مجلس الأوقاف الإسلامية في القدس الشيخ ناجح بكيرات، والشيخ إسماعيل نواهضة إمام وخطيب المسجد الأقصى.

ووثق تقرير حال القدس 2020 عدداً من المشاريع التهويدية التي خطط لها الاحتلال، ونفذها، في محيط مدينة القدس المحتلة، ومن أبرز تلك المشاريع: مشروع القطار الخفيف (التلفريك)، وجسر المشاة "السياحيّ" بين حيّ الثوري ومنطقة النبيّ داود، ومشروع وضع مجسم "المعبد" المزعوم عند باب المغاربة.

ووصف التقرير اعتداءات الاحتلال على المسيحيين في القدس المحتلة بأنها نهجٌ ثابتٌ لدى الاحتلال، إذ تتعرض الكنائس والأملاك المسيحية إلى اعتداءاتٍ مستمرة، بالتزامن مع استمرار محاولات الاحتلال السيطرة على الأملاك والأوقاف المسيحية التي تتعرض لمحاولات تسريبٍ، تسهلها أذرع الاحتلال القانونية".