طالب ائتلاف المؤسسات الأهلية للدفاع عن حقوق الفلسطينيين في مدينة القدس المحتلة بوضع حدٍ لانتهاكات سلطات الاحتلال للقانون الدولي الإنساني، ولمبادئ الشرعة الدولية لحقوق الإنسان، التي تمارسها في المناطق الفلسطينية المحتلة، بما في ذلك مدينة القدس المحتلة.

وشدّد الائتلاف، في تقرير له حول انتهاكات الاحتلال في مدينة القدس، على ضرورة توقف سلطات الاحتلال على الفور عن أعمال بناء جدار الفصل العنصري الذي تقوم ببنائه في الأرض الفلسطينية المحتلة بما فيها القدس المحتلة وما حولها، وأن تفكك على الفور الهيكل الإنشائي القائم هناك وأن تلغي أو تبطل مفعول جميع القوانين التشريعية واللوائح التنظيمية المتصلة به، عملا بالفقرات ١٣٣، ١٥٢، ١٥٣ من الرأي الاستشاري لمحكمة العدل الدولية الصادر في التاسع من تموز عام ٢٠٠٤.

وطالب الائتلاف برفع الرأي الاستشاري الخاص بجدار الفصل العنصري، الصادر عن محكمة العدل الدولية في التاسع من شهر تموز عام ، ٢٠٠٤ إلى هيئات الأمم المتحدة وخاصة الجمعية العمومية ومجلس الأمن الدولي للنظر فيه وتنفيذه.

ودعا الائتلاف سلطات الاحتلال إلى وقف سياسة التهويد والتهجير والتطهير العرقي التي تمارسها ضد مدينة القدس المحتلة، وضد سكانها المواطنين الأصليين، ورفع الإغلاق والحصار على المدينة، ووقف فصل العائلات الفلسطينية وتشتيتها، وتمكينها من جمع شمل أفرادها، ووقف وإلغاء كل الإجراءات والتدابير غير القانونية التي اتخذتها بحق هذه العائلات وأفرادها، سواء كان ذلك نتيجة لبناء جدار الفصل العنصري غير القانوني، أو غيرها من الإجراءات العنصرية والتدابير غير القانونية، وتمكين الشعب الفلسطيني من حرية الحركة والتنقل والإقامة في أي جزء من المناطق الفلسطينية المحتلة بما في ذلك داخل مدينة القدس المحتلة.

وطالب سلطات الاحتلال بالكف عن اقتحام ومداهمة الأحياء والمرافق المدنية، وإغلاق المؤسسات الفلسطينية في المدينة والسماح للمعلمين والطلبة الالتحاق بمدارسهم للعمل والدراسة فيها بدون قيد أو شرط ووقف سياسة التمييز العنصري التي تنتهجها ضد المسيرة التعليمية في القدس المحتلة، ووقف حملات اعتقال المواطنين، والنواب والوزراء وتمكينهم من ممارسة حقهم وواجبهم الديمقراطي في تمثيل المواطنين والدفاع عنهم، عملاً بالقانون الدولي الإنساني، وتطبيقاً لمبادئ الشرعية الدولية لحقوق الإنسان، ولميثاق وقرارات الأمم المتحدة ذات الصلة.
وشدد في التوصيات التي قدمها في نهاية التقرير على دعوة سلطات الاحتلال إلى وقف عمليات الحفر، وهدم الإنشاءات والمباني الأثرية التاريخية العربية والإسلامية في البلدة القديمة في القدس، وفي منطقة باب المغاربة وتحت أساسات المسجد الأقصى وبالقرب منه، ووقف بناء كنيس يهودي ملاصق لأسوار المسجد الأقصى وتحت ساحاته، ووقف انتهاك حرمة المقدسات الدينية في القدس، وفي سائر المناطق الفلسطينية المحتلة، أو الاعتداء عليها وعلى المصلين، ووقف المسّ بحرية العبادة، والسماح للمصلين بالوصول إلى الأماكن المقدسة وأداء الصلاة، وممارسة الشعائر الدينية فيها بحرية كاملة وبدون قيد.

وطالب الأطراف الموقعة على اتفاقية جنيف الرابعة تحمل مسؤولياتها القانونية والأخلاقية والوفاء بالتزاماتها، ومن ضمنها العمل على إلزام سلطات الاحتلال باحترام الاتفاقية وتطبيقها في الأراضي الفلسطينية المحتلة، بموجب المادة الأولى من الاتفاقية، والعمل على توفير الحماية الفورية للمدنيين الفلسطينيين من العدوان الصهيوني المتواصل ضدهم.