أوصى مؤتمر (وثائق الملكيات والوضع التاريخي للمسجد الأقصى المبارك) بالعمل على جمع ودراسة كافة الوثائق التي تثبت الحقائق القانونية والتاريخية والجغرافية للمسجد الأقصى والقدس، وتوفيرها بآلية سهلة إلى جميع الباحثين ومراكز الأبحاث والجامعات والمؤسسات العلمية لمواصلة الدراسة والبحث والتوثيق.

وأكد المؤتمر في ختام جلساته، على ضرورة تأكيد ونشر الرواية الاسلامية والمسيحية الفلسطينية العربية في قضية القدس خاصة "على الحق الديني والتاريخي والقانوني للمسلمين في المسجد الأقصى المبارك بمساحته الكاملة البالغة 144 دونما و900 متر، والتي تشمل: المصلى القبلي ومصلى المسجد القديم، ومصلى مسجد قبة الصخرة المشرفة، ومصلى المرواني، ومصلى باب الرحمة، ومجموعة من الأبنية والقباب والمحاريب والمساطب والسبل والآبار والحدائق، وكافة معالمه التي تتعدى 200 معلم، وجميع ساحاته فوق الأرض وتحت الأرض، لا يشاركهم فيه أحد، ويعتبر المسجد الأقصى المبارك وما حوله جزءا لا يتجزأ من أملاك الأوقاف الإسلامية.

ودعا المؤتمر الذي دعت له اللجنة العليا للقدس ووحدة القدس في ديوان الرئاسة الفلسطيني، إلى مواجهة واجهاض الإجراءات التي يقوم بها الاحتلال "الاسرائيلي" في محاولة لتغيير وتشويه وتزييف الوضع التاريخي في القدس ومقدساتها الإسلامية والمسيحية، خاصة في المسجد الأقصى المبارك/ الحرم الشريف، والتي تتعارض مع الحق التاريخي والقانوني الذي أكدته ووثقته المستندات والوثائق الرسمية ومقررات الشرعية الدولية التي ناقشها المؤتمرون، ودعوا الى الحرص على توثيقها ونشرها.

وشدد على أهمية تعزيز وتمكين الدور الأردني على المقدسات الاسلامية والمسيحية في مدينة القدس، والعمل على دعم أهل القدس ومؤسساتها خاصة مجلس الأوقاف الإسلامية والصندوق الهاشمي لإعمار المسجد الأقصى المبارك وقبة الصخرة المشرفة، في حماية ورعاية والدفاع عن المسجد الأقصى المبارك وخاصة بأعمال الترميم والإعمار.

وطالب المؤتمر حكومات وشعوب ومؤسسات وبرلمانات دول العالم العربي والإسلامي بالعمل على المساهمة الفعلية في حماية القدس وأهلها ومؤسساتها ومقدساتها، خاصة المسجد الأقصى المبارك، من مخاطر الأسرلة والتهويد التي تمارسها حكومة الاحتلال الإسرائيلي، وتوحيد الجهود العربية والإسلامية ضمن رؤية مشتركة لحماية القدس ومقدساتها الإسلامية المسيحية، واتخاذ إجراءات فاعلة ومدروسة لتحقيق ذلك.

دعا منظمة اليونسكو بشكل خاص إلى ضرورة الإسراع في تنفيذ قرارها المتعلق بإرسال لجنة تحقيق عاجلة إلى القدس، باعتبارها مسجلة على قائمة الارث الحضاري العالمي منذ العام 1981 وللتحقيق في الحفريات الخطيرة التي تجريها الحكومة "الإسرائيلية" أسفل وفي محيط المسجد الأقصى المبارك.

وأوصى المؤتمر بإطلاق منصة الكترونية توضح الرواية الفلسطينية الموحدة حول الحقوق العربية التاريخية الثابتة في القدس، وتفند وتدحض الرواية "الإسرائيلية" المزيفة للمدينة، مع التحذير من اعتماد أو استخدام أي مصدر أو مرجع أو مفردات من الخطاب الإعلامي "الإسرائيلي".

وأقر تطوير منظومة الكترونية ذكية لترجمة الأوراق والوثائق والمستندات الصادرة باللغة العثمانية، ورقمنتها والحفاظ عليها والتي تخص مدينة القدس، وإنشاء قاعدة بيانات موثوقة للباحثين والمتخصصين والدارسين لتاريخ مدينة القدس.

كما أوصى بإصدار كتاب يوثق أعمال المؤتمر من أوراق بحثية ووثائق ومداخلات وتوصيات، وكلف اللجنة العليا للقدس ووحدة القدس في ديوان الرئاسة، واللجنة التحضيرية بمتابعة تنفيذ توصيات المؤتمر.

وحيا المؤتمرون أهل القدس وشبابها وشاباتها المرابطين والثابتين على الحق، والذين يقدمون يوميا تضحيات جساما دفاعا عن أولى القبلتين وثالث الحرمين الشريفين نيابة عن الأمتين العربية والإسلامية، ودعوا إلى العمل على تثبيت ودعم صمودهم بكرامة في المدينة المقدسة.